Zavod KC STV so ustanovila podjetja člani konzorcija Tehnološke mreže Tehnologija vodenja procesov (TM TVP), ki kot virtualna organizacija že od 2002 povezuje javne raziskovalne institucije in  podjetja pri prenosu znanja in tehnologij v industrijsko prakso in pri razvoju produktov in storitev za prodajo na trgu. Dejavnost mreže se izvaja v konzorcijskih raziskovalno-razvojnih projektih raziskovalnih institucij, podjetij izvajalcev  in podjetij uporabnikov. Njen strateški fokus so mrežni načini prenosa znanja v inovacijskem sistemu.

Člani TM TVP so ugotovili, da v spremenjenih razmerah konzorcijska oblika mreže kot organizacije ni več zadostna za izvajanje skupnega poslanstva in ciljev in se odločili, da se za potrebe priprave in izvajanja konzorcijskih projektov mreže ustanovi pravna entiteta – zavod, Kompetenčni center za sodobne tehnologije vodenja, ki prevzema v teh projektih vlogo nosilne članice konzorcija.

Zavod izhaja iz vsebinskih in organizacijskih izkušenj Kompetenčnega centra za sodobne tehnologije vodenja (po njem je prevzel tudi ime), ki je v konzorcijski obliki deloval v letih 2010-2014.

Konzorcij se je oblikoval na osnovi razpisa MIZŠ za kompetenčne centre v letu 2010 (KCSTV 2010-2013). Po zaključku projekta so se aktivnosti ponovno preselile v okvir Tehnološke mreže.

V sedanji obliki je zavod  začel z delom 1.3.2016.

V letu 2017 se je Zavod aktivno vključil v pripravo akcijskih načrtov Strateško Razvojno-Inovacijskih Partnerstev (SRIP) na področju SRIP Tovarne prihodnosti (SRIP ToP), kjer je v sodelovanju z Inštitutom Jožef Stefan (kot prijaviteljem), GZS in TECOS podpisal sporazum o ustanovitvi SRIP ToP ter pripravil program in finančni načrt za 2.fazo  delovanja SRIP ToP. SRIP ToP se je v 2.fazi oblikoval kot sistem 4 grozdov , pri čemer je Zavod KC STV nosilec grozda STV – Sistemi in tehnologije vodenja.